环境科学与工程系下设环境科学与工程本科专业，环境科学与工程专业2022年入选国家一流本科专业建设点；环境科学与工程专业面向生态环境保护行业，以环境科学与工程学科知识和工程实践技术培养为重点，注重学生可持续发展理念、工科技能和创新精神等方面的塑造，以大数据、虚拟仿真等现代信息技术为结合点，培养能够解决环境科学与工程方面的实际问题，能在国家各级政府部门、规划部门、经济管理部门、环保部门、科研单位、设计单位、工矿企业、学校等，从事环境规划、环境监测、环境影响评价、环境管理，各类环境工程的设计、施工、监理，环境保护的教学、科研等工作的高素质工程技术人才。

本专业依托重庆市重点实验室和环境科学与工程一级学科硕士点（重庆市重点学科）、水利工程一级博士点（重庆市一流学科），形成了“本-硕-博”一体化的人才培养体系，充分体现环境科学与工程学科交叉型、新兴型的特点，立足重庆、服务西南、辐射全国，在同类专业中具有较大的行业知名度。